Al iniciar la década de 1960, Morin inicia trabajos y expediciones por Latinoamérica y queda impresionado por su cultura. Posteriormente empieza a elaborar un pensamiento que haga complementar el desarrollo del sujeto. Ya en Poulhan, y en compañía de sus colaboradores, desarrolla una investigación de carácter experimental que culmina con la tesis de la transdisciplinariedad, que le genera mayores contradicciones con otros académicos.
Durante la revuelta estudiantil del mayo francés (1968), escribe artículos para Le Monde, en los que descifra el significado y sentido de ese suceso.
Con el surgimiento de la revolución bio-genética, estudia el pensamiento de las tres teorías que llevan a la organización de sus nuevas ideas (la cibernética, la teoría de sistemas y la teoría de la información). También se complementa en la teoría de la autorganización de Heinz von Förster. Para 1977, elabora el concepto del conocimiento enciclopedante, del cual liga los conocimientos dispersos, proponiendo la epistemología de la complejidad.
En 1983, fue condecorado con la orden de la Legión de Honor y a mediados de la década de 1980, ya vislumbra los cambios en el régimen soviético de Mijaíl Gorbachov.
El pensamiento complejo
Morin ve el mundo como un todo indisociable, donde nuestro espíritu individual posee conocimientos ambiguos, desordenados, que necesita acciones retroalimentadoras y propone un abordaje de manera multidisciplinaria y multirreferenciada para lograr la construcción del pensamiento que se desarrolla con un análisis profundo de elementos de certeza. Estos elementos se basan en la complejidad que se caracteriza por tener muchas partes que forman un conjunto intrincado y difícil de conocer.En los últimos tiempos se está extendiendo el uso del término Ciencias de la Complejidad para referirse a todas las disciplinas que hacen uso del enfoque de sistemas. El ordenador es la herramienta fundamental de las ciencias de la complejidad debido a su capacidad para modelar y simular sistemas complejos. Con posterioridad y en un análisis más profundo, la complejidad también se presenta con trazos inquietantes de confusión, desorientación, desorden, ambigüedad, incertidumbre, y de ahí la necesidad para poder hacer un mejor manejo del conocimiento.Morin manifiesta que la innovación presupone una cierta desorganización y relajamiento de tensiones estrechamente vinculados con la acción de un principio reorganizado.
Se opone al aislamiento de los objetos del conocimiento, los restituye a su contexto, los reinserta en la globalidad a la que pertenecen.
